摩尔的历史和相对原子质量、阿伏加德罗常数等一系列相关概念的历史有关。
1805年，约翰·道尔顿发布了第一张相对原子质量表，它将氢原子的相对原子质量定为1。这张表中的数据是依据元素在化合物中质量比确定的，因此化学家不必以认同当时还不完善的原子理论为前提来使用这张表，这使得该表被广泛接受。
永斯·贝采利乌斯将相对原子质量的精度进一步提高。他是首个将氧原子作为相对原子质量基准的化学家。由于氧和许多其他元素能形成化合物，因此使用它作为基准来确定元素的相对原子质量十分方便。然而他所采用的将氧原子的相对原子质量定为100的做法，并没有得到广泛采用。
查尔斯·弗雷德里克·格哈特、亨利·维克托·勒尼奥和斯坦尼斯劳·坎尼扎罗三人发展了贝采利乌斯的工作，解决了当时许多化合物的化学计量尚不知晓的问题。他们的工作在1860年的卡尔斯鲁厄会议上 受到了舆论的关注。此后，化学界普遍将氢的相对原子质量定为1。尽管在那时，测量精度不高，相对误差有1%左右，但这样的规定在数字上与后来的“氧原 子=16”的标准等价。然而，将氧原子作为相对原子质量标准能带来更多的便利，在分析化学中能有更多好处，而且原子质量也能变得更为准确。
当质谱分析发展之后，氧-16成为了新的“标准物质”，替代了原来的天然的氧（天然的氧还含有氧的另外两种同位素）。1960年代，摩尔的定义基于碳-12，也就是现在的标准[2][9]。这四种不同的定义在1%的误差内是等价的。
計算基礎
計算基礎相對於
C
12
{\displaystyle {\ce {^12C}}}
=
12
{\displaystyle =12}
的數值
計算基礎相對於
C
12
{\displaystyle {\ce {^12C}}}
=
12
{\displaystyle =12}
基礎下的偏差
氢原子相对原子质量 = 1
1.00794(7)
−0.788%
氧原子相对原子质量 = 16
15.9994(3)
+0.00375%
O
16
{\displaystyle {\ce {^16O}}}
的相对原子质量 = 16
15.9949146221(15)
+0.0318%
1894年化学家威廉·奥斯特瓦尔德由德语单词Molekül（分子）创造了单位Mol。摩尔（mole）的名称是1897年翻译该单位时产生的[10][11][12]。不過相關的等效質量（英语：equivalent mass）概念早在一個世紀就已使用[13]。
摩尔在1971年的第十四届国际计量大会（CGPM）上被确定为第七个国际单位制单位并将作为基本物理量的基本单位之一。[14]